L'edificio che ospita dal 1618 la Pinacoteca, detto palazzo dell'Ambrosiana, fu costruita da Lelio Buzzi per volontà di Federico Borromeo nel primo decennio del '600.
Qui il Cardinale collocò la biblioteca Ambrosiana, dotandola della sua collezione privata di quadri (nucleo originario della futura pinacoteca), e fondò una Accademia di Belle Arti (1625).
In seguito alla donazione di nuove collezioni private che arricchirono notevolmente il Museo, fu necessario ampiare l'edificio nella prima metà dell' 800 e, una seconda volta, intorno al 1930, ma la sistemazione definitiva delle raccolte avvenne solo dopo i lavori di restauro del secondo dopoguerra.

La pinacoteca è concentrata in 14 sale una copiosa messe di quadri, in prevalenza lombardi, veneti e fiamminghi, nonchè disegni, oggetti d'arte ecc...
La visita inizai dalle sale del piano superiore, alle quali si accede per lo scalone d'onore (ai pianerottoli, il monumento al pittore Giuseppe Bossi e i calchi della Pietà di Michelangelo esposta in S.Pietro e del Laoconte del Museo Vaticano).
Seguendo un sommario itinerario di visita, ricordiamo qui alcune fra le opere più significanti.

Osserveremo, innanzitutto, preziosi esempi di pittura sacra della seconda metà del '400 e del primo '500: un Polittico di Bartolomeo Vivarini; quattro Santi del borgognone; S.ludovico e S.bonaventura attribuiti al Butinone; la raffinata Madonna del Baldacchino del Botticelli; le Madonne del ghirlandaio e del Pinturicchio.

Sosteremo, in particolare, dinanzi alla Madonna col Bambino fra Angeli e Santi, opera del primo periodo del Bergognone, notevole per la ricchezza compositiva e il gusto miniaturistico dei particolari.

Alla pinacoteca si accompagnano anche opere scultoree, a cominciare da alcune statue e bassorilievi preromanici provenienti, in gran parte, dal monastero di Cairate. E' qui rappresentato, inoltre, un grande scultore lombardo che lavorò alla Fabbrica del Duomo: il Bambaia, alla cui mano si deve il possente Mausoleo di Gastone di Foix (iniziato nel 1515).
Prezioso, poi, il gruppo di opere tedesche e fiamminghe,fra le quali risaltano le finissime composizioni allegoriche, mitologiche e paesaggistiche di Jan Brueghel detto "dei velluti" che, durante il Suo soggiorno a Milano, ebbe la stima e la protezione di Federico Borromeo. Sfilano, accanto, vigorosi Ritratti, come quelli virili di Hans Mielich e quello di S. Ignazio del monogrammista H.L.F., e il Trittico con l'adorazione dei Magi di Joos Van Cleve. Nei medesimi ambienti, fanno cornice rari oggetti d'arte, e la grande Vetrata dantesca di Giuseppe Bertini. Seguono alcuni saggi di artisti lombardi, soprattutto della cerchia leonardesca.

Si ammirano, in particolare, del Bramantino, la giovanile Adorazione del Bambino, la lunetta affrescata con la Pietà e l'enigmatica Pala di S.Michele, molto discussa per i lineamenti quasi virili della Madonna, ove le sacre figure sono messe in risalto e dalla prospettiva creata dalle due simboliche presenze accasciate in primo piano (l'eretico e Lucifero in forma di rospo) e dalle retrostanti architetture fantastiche. Appartengono, poi, ad Andrea Solario la Testa del Battista;al Giampietrino l'Adorazione del Bambino con S. Rocco; al Luini il graziosissiomo S. Giovannino con l'agnello, la Sacra Famiglia con S.Anna, l'Adorazione dei pastori, la Madonna del latte. Due ritratti: quelli del Musico e della presunta Beatrice d'Este, presentano caratteri leonardeschi così accentuati che almeno il primo è ritenuto, sia pure parzialmente, opera del grande maestro, mentre il secondo è dovuto più probabilmente alla mano di Ambrogio de'Predis. Altri dipinti di scuola vinciana sono il Battista di Andrea Salino, il Redentore di Cesare da Sesto e la Madonna col Bambino e Santi di Marco d'Oggiono. Una grande sala è riservata all'Ultima Cena di Andrea Bianchi detto il Vespino, che copiò l'affresco Leonardesco di S. Maria delle Grazie su commisione del borromeo, ad alcuni cartoni eseguiti dal Pellegrini per il Duomo e all'unico cartone superstite di Raffaello. Si tratta di La scuola d'Atene, magnifico abbozzo dell'omonimo affresco Vaticano della stanza della Segnatura.

Nel ciclo dei pittori barocchi si distinguono: il popolare Presepio dell'urbinate Barocci; l'Adorazione dei Magi del Morazzone; Santo Vescovo e Presentazione al Tempio di Domenico Tiepolo; Interno di osteria del Magnasco; ritratto di Leopoldo II di A.R.Mengs. Ma al vertice della rassegna sta il Canestro di Frutta del Caravaggio, di incerta datazione, memorabile esempio di natura morta, per l'equilibrato ritmo compositivo e la modernità dell'interpretazione. Rappresentano l'arte neoclassica alcuni ritratti del A.Appiani e G.Bossi, graziose miniature di G.B.Cigola, busti marmorei e vari bronzi dorati. Il grande modello in bronzo dorato dell'Arco Trionfale di L.Cagnola offre un esempio dell'architettura ottocentesca.

Nella sala dei veneti si torna alla grande produzione pittorica cinquecentesca, rivisitata tramite il magistrale Ritratto di Cavaliere di G.B.Moroni; la Sacra Famiglia di Bonifacio Veronese; il Martirio di S.Pietro da Verona del Moretto; il Riposo nella Fuga D'egitto e l'Annuncio ai Pastori, capolavori di Jacopo Bassano. Il Tiziano, grande maestro del colore, è qui presente con l'acuto Ritratto di Vecchio, l'Adorazione dei Magi, la Deposizione nel Sepolcro, Hecce Homo, Maddalena.